O reconhecimento do trabalho de qualidade de professores e alunos não é descurado no eTwinning.
Os selos de qualidade eTwinning são concedidos a professores com excelentes projetos eTwinning e indicam que o projeto atingiu um certo padrão nacional e europeu.
Os projetos podem ser nomeados por uma Organização Nacional de Apoio para receber um Selo de Qualidade Europeu se dois ou mais parceiros tiverem recebido um Selo Nacional de Qualidade para o projeto. Caso o Selo Europeu seja concedido, o projeto passará a ser elegível para se candidatar ao Prémio Europeu eTwinning.
A candidatura aos Selos Nacionais de Qualidade decorre durante todo o ano. Contudo, a definição de datas para a avaliação dos projetos é da responsabilidade de cada país, sendo estas estabelecidas pelas respetivas Organizações Nacionais de Apoio.
Os projetos serão avaliados em função de seis critérios de qualidade:
Todos os projetos que receberem o Selo Nacional de Qualidade ficam automaticamente selecionados para integrar o grupo dos que poderão vir a ser agraciados com o Prémio Nacional, que será atribuído pela Organização Nacional de Apoio de Portugal (ONA), após seleção e categorização criteriosa.